盐碱地小麦要高产，选用化肥是关键。化肥性质有酸性、碱性和中性之分。酸性、中性化肥可以在盐碱地上施用，而碱性肥料则应避免在盐碱地上施用。如尿素、碳酸氢铵、硝酸铵等在泥土中不残留任何杂质，不会增加泥土中的盐分和碱性，适宜在盐碱地上施用；硫酸铵是生理酸性肥料，其中的铵被小麦吸收后，残留的硫酸根可以降低盐碱的碱性，也适宜施用；石灰氮、草木灰等碱性肥料，就不适宜在盐碱地上施用；硝酸钠也属生理碱性肥料，共中的硝酸根离子被小麦吸收后，残留的钠不但增加了泥土盐分，还会使泥土碱性提高，使泥土越变越坏。盐碱地小麦也适宜施用氯化铵，以免盐分增加，影响小麦生长。给盐地小麦施用磷肥，应选用过磷酸钙。而钙镁磷肥就没有效果，反而会增加盐碱地的碱性。
协助施用有机肥，小麦长好有条件。盐碱地小麦施用化肥，要注意协助施用有机肥料，既可以增补多种营养，又有利于降低泥土溶液浓度，减轻由于施用化肥而引起盐碱危害。
施肥方法要有巧，少量多次深埋好。盐碱地小麦施用化肥，区别于一般好地，要注意多次少量施用，以免泥土溶液浓度骤然过高，影响小麦吸收和生长。别的，铵态氮肥在盐碱地上施用易引起氨的挥发，一定要强调深施埋严。