小麦施用种肥的增产效果好，但必需注意，不是所有化肥品种都可以做小麦种肥，有些化肥品种对小麦种子和幼苗有伤害作用，不宜做种肥。
这类肥料主要有三类：一是对种子有腐化作用的肥料，如碳酸氢铵具有吸湿性、腐化性和挥发性。如必需用这类化肥作种肥时，应避免与种子接触，可将肥料施在播种沟底部，盖一层细土后再播种；二是对种子有伤害的肥料，如石灰氮，施入泥土后，在转化为尿素的过程中，其中间产品对幼芽有伤害作用；三是含有害离子的肥料，如氯化铵、氯化钾等化肥，含有氯离子，施入泥土后会产生水溶性的氯化物，对小麦种子抽芽、生根和幼苗生长极为不利，应当避免使用。