一、危害性
小麦腥黑穗病是毁灭性的检疫对象，一般发病田块小麦可减产10-20%，严重的减产50%以上，甚至绝收。小麦发病后不但造成减产或绝收，并且病粒内含有带腥臭味的有毒物质三甲胺，严重降低麦粒及面粉的品质而不堪食用，人畜食后还会引起中毒。
二、感染轮回
麦收后病菌附着在种子外表或混入粪肥、泥土中越夏。秋天小麦播种后抽芽时，病菌侵入幼苗，第二年春季再向上侵入幼穗，毁坏小麦穗部的正常生长，抽穗后形成病原菌的厚垣孢子呈黑粉状。小麦收获脱粒时，病粒破碎，黑粉状的病菌分离粘附在种子外表或混入粪肥泥土越夏，越夏后秋天侵入小麦幼苗。
三、防治方法
（一）整地麦播期防治
1、使用无病腐熟净肥：带菌粪肥是土传病害一种很重要的传播渠道，倡导堆沤农家肥时不用病残体原料，施用无病腐熟净肥，以割断粪肥感染源。
2、均匀轮播倒茬：小麦腥黑穗病发生区应实行与油菜、马铃薯、红薯、棉花、花生、烟草、蔬菜等作物5-7年的轮播，能力收到较好的防效。
3、严禁病区自行留种、串换麦种：种子夹带病麦粒、病残体是远距离传播和本地蔓延的主要途径，因此，应禁止从病区引种；严禁病区的小麦做种子用，杜绝自行留种串换麦种。
4、选用抗病品种：应因地制宜，选用抗耐病品种，利用品种间的抗病性差别选择丰产性能好、适应性广、早熟、发病较轻或产量损失较小的品种。在病区应使用正规渠道供销的无病良种，有前提的村落组应鼎力推行统一供种、统一拌种。
5、杀菌剂拌种：药剂拌种是预防和控制小麦腥黑穗病蔓延的一种轻便、经济、有效、省工、省时的好方法，防治效果十分清楚。可用3%敌萎丹漂浮种衣剂20毫升，加水150毫升充分混匀后，倒入要处理的10公斤种子上，种子最好盛在塑料袋或桶中，快速搅拌或摇晃，直至药液匀称分布于每粒种子上。敌萎丹漂浮种衣剂，由先进的成膜剂加工而成，成膜固化快，拌种后无需晾晒即可播种。
6、泥土药剂处理：泥土药剂处理也是一种防治小麦腥黑穗病等土传种传病害的好方法，对重病田效果更为清楚。重病田应采取药剂拌种加泥土处理双管齐下的措施。每亩可选用50%多菌灵可湿性粉剂2-3公斤或70%甲基托布津可湿性粉剂1-1.5公斤兑细干土45-50公斤，搅拌匀称后制成毒土，在犁地后匀称撒在地面，再耙地，进行泥土消毒处理，然后播种。
（二）收割前后防治
1、零散病区拔除病株：5月的中旬和下旬，小麦腥黑穗病发生症状十分清楚。发现零散发生田块，可拔除病株，加以集中烧毁。
2、轻发病田多管齐下：小麦腥黑穗病轻发田，要剪除病穗烧毁，并单收单打，烧毁病麦秸、病麦糠等一切病残体。
3、重发田块全田烧毁：对重发田块应收割堆放集中烧毁，采取全田彻底销毁的严厉办法。