高密度投放鱼种和大量投喂人工协助料是集约化水产养殖的两个显着特点，人工协助料是集约化水产养殖的主要营养来历，而人工协助料的大量使用又是造成养殖水体污染的主要原因之一。要处理好饵料的污染问题，必需从营养学的角度控制污染源，从而实现绿色养殖的目的。
一、均匀控制饵料成分的比例今朝一些厂家在配制鱼饵料时，往往只是单方面思量鱼对蛋白质的需求，而忽视了鱼对能量的需求，添加大量鱼粉是导致高磷和高氮污染的主要原因。在设计配方的时候，可以恰当提高饵料的能量含量并减少蛋白质含量，从而减轻由高蛋白质营养水平导致的氮污染程度。
二、提高蛋白质的生物学价钱鱼分泌的大量含氮物质是造成水体环境污染的主要原因，这些含氮物质主要来自饵料中那些未被消化利用的粗蛋白质和氨基酸。采取理想的蛋白质模式，改善蛋白质中各种氨基酸的均衡状况，可提高蛋白质的生物学利用价钱，有效降低饵料中粗蛋白质的水平，提高氮的利用率，减少粪便中氮的分泌量。这样既可节减大量的天然蛋白质饵料资源，又可减轻集约化水产养殖对环境的氮污染程度。
三、均匀使用添加剂部分添加剂的均匀使用可以在一定程度上改善饵料的品质和风味，促进鱼摄食，提高饵料的利用率，从而可以减轻对水体环境的污染程度。
肽制剂：肽是一种高效的生物活性物质，无药物残留，不会让鱼产生抗药性。为了降低饵料本钱，在配制饵料时往往需要添加一定量的植物性原料。使用肽制剂后不但可以改善饵料的适口性，并且可以全面促进饵料营养成分的消化和吸收，提高饵料利用率，从而大大减少鱼分泌物中的有机物、氮、磷等营养物质的排出量，减少饵料中未消化物质对水环境的污染。
高效矿物质：矿物质是鱼生命活动和水产养殖生产过程中不可匮乏的营养物质，虽然鱼可以从水环境中吸收一部分矿物质，但仍不能满意生长需要，因此必需在饵料中增补一定量的矿物质。今朝我国对矿物质添加剂的使用还逗留在无机盐阶段，而以无机盐形式添加的矿物质在动物体内利用率极低，轻易导致添加量不停增加，对环境的污染也越来越严重。有机盐形式的矿物质添加剂则可以提高矿物质的生物利用率，减少其在饵料中的添加量，减轻对环境造成的污染，从而达到降低生产本钱的目标。
四、改善加工工艺饵料加工工艺（如粉碎、混合、制粒以及膨化等）可影响鱼对饵料的利用率，在生产饵料时，应该按照区别品种的生活习性、区别的发育阶段以及区别的生理机能，采取相应的生产工艺，配制适合其摄食和消化的优质饵料。
研发低污染鱼饵料是饵料工业和养殖业发展的必然趋势，也是缓解养殖业与环境之间的有害轮回和生产无公害水产物的条件。总的来说，低污染鱼饵料的应用将成为此后水产养殖业发展的方向。